Su padre era un sastre y su madre, María del Pilar, era una de las esclavas preferidas de la señora Beatriz Agustina de Jústiz y Zayas-Bazán, casada con el I marqués de Jústiz de Santa Ana. Se supone que Juan Francisco Manzano nació el año de 1797 en El Molino, una plantación de caña de azúcar cerca de la ciudad de Matanzas. Con un permiso -necesario debido a su condición social- pronto publicó sus versos en el volumen lírico Cantos a Lesbia de 1821, hoy perdido. Fue el primer hombre de piel negra que leyó en público en Cuba sus propios poemas.

Su Autobiografía fue escrita en 1839 por iniciativa del activo animador cultural Domingo del Monte.